«Церковное обозрение» с неприкрытой радостью комментировало нападение нацистской Германии на большевистский СССР: «…ныне идет решительный бой Света с тьмою. Ей мощная рука объявила смертный бой. Все верующие, все христиане, а особенно мы, православные сыны России, должны эту борьбу превратить во всехристианский крестовый поход и, сопровождая горячими молитвами, ощутительно принять в нем участие всеми доступными нам средствами». Газета, издаваемая Махараблидзе, превратилась в беспрестанного певца восхвалений «новому светскому порядку» и его вождю, переходя в этом восхвалении все границы сдержанности и пристойности. Более умеренные позиции заняло официальное издание РПЦ(з) «Церковная жизнь», прервавшее свой выход после Апрельской войны до конца 1941 г. и получившее, таким образом, необходимую временную дистанцию для того, чтобы делать более взвешенные заявления и призывы. Уже первый номер под оккупацией содержал и немецкое название издания «Das kirchliche Leben» (в отличие, например, от издания Махараблидзе, который не помещал на передней странице немецкого перевода названия). Этот первый номер не был переполнен неумеренным ликованием по поводу нападения Германии на СССР, но не был и полностью аполитичным, т. к. содержал большую статью митрополита Анастасия. В этой статье владыка сконцентрировал свое внимание на антихристианской и антигуманной природе коммунизма. По его мнению, «люди, одержимые злыми, разрушительными идеями, отличаются большим фанатизмом, вдохновляющим их на ожесточенную, демоническую волю к сопротивлению. Когда они располагают при этом большою вооруженною силою, борьба с ними становится особенно тяжелой; она посильна только крепким духом и военной мощью народам, как, например, германскому, объявившему непримиримую брань не только русскому большевизму, но и всякому проявлению коммунистического духа в других странах Европы. Сколько бы силы зла ни оказывали сопротивления в нынешней решительной борьбе с ними, на которую смотрит весь мир, они уже чувствуют свою обреченность, ибо зло обладает только кажущимся, призрачным могуществом, как и сам князь мира сего, вдохновляющий этих людей на их преступную, разрушительную работу».В следующем номере этого официального издания РПЦ(з) та же мысль получила дальнейшее развитие. «…Русская Зарубежная Церковь с напряженным вниманием следит за ходом войны на Востоке, молитвенно поддерживая самоотверженных бойцовъ против безбожников, и всегда готовая по мере своих сил и возможности помогать этой борьбе, которая, кроме внешнего боевого фронта, в том или ином виде ведется по всему миру…»В последующих рождественских и пасхальных посланиях митрополита Анастасия присутствовали слова поддержки «…крестоносному воину, подвизающемуся на поле брани…», который «…творит великое дело любви и самоотвержения…полагает свою душу за такие ценности, которые выше и дороже самой жизни, ибо имеют непреходящее, вечное значение». Лишь с пасхального послания 1943 г. риторика несколько изменилась, и хотя перечисление большевистских грехов осталось, слова поддержки «борцам с большевизмом» стали иссякать, а на смену им пришли полные боли и печали перечисления «…жертв и страданий. Нет страны, откуда не слышались бы стоны и вздохи, где люди не просыпались бы в тревоге, не зная, что ожидает их в нынешний день. На полях сражения смерть косит, как траву, тысячи юных жизней, лучшую надежду и утешение каждого народа. Нарастающая каждый день вражда и злоба доходят до сатанинского ожесточения, доводящего до крайних пределов и без того едва переносимые тяготы войны. Летающие воздушные чудовища дышат на все разрушением и смертью, не щадя ни мирных беззащитных городов, ни священных алтарей, ни больниц, ни жизни невинных младенцев, кровь которых поистине вопиет на небо».
Причина такой разительной перемены заключалась в том, что с ходом войны в России иерархам РПЦ(з) становилось все яснее, «… что немцы никак не хотят оказывать нам поддержку в работе в России… больше всего они добивались разделения…». Нацисты старались предотвратить не только контакты между РПЦ(з) и оккупированными советскими территориями, но и между советскими военнопленными и священниками РПЦ(з). Вследствие этого старания РПЦ(з) помочь восстановлению нормальной церковной жизни в России пошли окольными путями. Православное миссионерское издательское дело активно развивалось не вблизи Синода, а в братстве преп. Иова в Ладомирово (Словакия), имевшем свою типографию. Это подозрительное отношение немецких властей к РПЦ(з) исходило от политической верхушки Третьего рейхаи приводило к попыткам сохранить за РПЦ(з) исключительно статус «эмигрантской церкви». Несмотря на давление немцев, РПЦ(з) пыталась участвовать в оказании поддержки православному возрождению в России. Летом 1942 г. «…в Белграде с благословения митрополита Анастасия был образован комитет для сбора средств на покупку и заготовку священных сосудов, церковных облачений, икон, крестиков и богослужебных книг для русских церквей в освобожденных местностях». Большую партию церковных книг, крестиков и антиминсов канцелярия Синода смогла переслать из Сербии в Россию только через третьих лиц. Отношение немцев к РПЦ(з) улучшилось лишь в 1943 г., когда Сталин разрешил избрать патриарха РПЦ (МП) и нацистам из пропагандистских целей пришлось уменьшить часть ограничений в деятельности РПЦ(з), чтобы противостоять советской пропаганде. Для оценки выбора в Москве патриарха состоялась встреча епископов РПЦ(з) в Вене, после которой появилось необходимое немцам осуждение «неправедных выборов».