После капитуляции, оккупации и раздела Югославии РПЦ(з) оказалась в сложной и деликатной ситуации — часть приходов оказалась вне границ Сербии, а общение с епархиями в других странах было крайне осложнено вследствие жестких мер безопасности и цензуры. Таким образом, глава РПЦ(з) и русских православных общин в Югославии митрополит Анастасий оказался в фактической изоляции.
Кроме внешней изоляции, имела место и внутренняя изоляция, фактический разрыв связей со светскими властями. Немцы не только ликвидировали государственные институты королевства Югославии, поддерживавшие эмиграцию, но и сместили главу эмигрантского представительства — В.Н. Штрандтмана. При бомбардировке погиб и начальник русской колонии в Белграде Евграф Евграфович Ковалевский. Новый же управляющий делами русской эмиграции генерал Скородумов был чересчур радикален и требователен, а потому отношения РПЦ(з) с ним устанавливались с трудом вследствие его попыток вмешиваться во внутреннюю жизнь церкви. Для обеспечения собственного статуса РПЦ(з) через секретаря Св. синода Юрия (Георгия) Павловича Граббе вступила в прямые связи с командующим немецкими оккупационными силами в Сербии и с местными представителями СД. Вскоре «генерал Скородумов был смещен, а на его место назначен генерал Крейтер, с которым уже не было никаких недоразумений или столкновений: он отлично понимал положение Церкви.». Помогли делу и личные связи Ю.П. Граббе с Димитрием Льотичем; последний тепло относился к Ю.П. Граббе, в 1943 г. написал по его просьбе введение к книге Граббе о еврейском вопросе, состоял с ним в переписке до самой смерти. По словам самого Ю.П. Граббе, «…Летич (Льотич. — Примеч. ред.) был замечательнейший человек. Он… был настоящим верующим и очень церковным человеком. Я с ним познакомился уже во время войны, и мы стали с ним очень близкими друзьями. Он умел разговаривать с немцами, при этом не сдавая никаких позиций… С другой стороны, Недич, очень видный генерал, который был в родственных отношениях с Летичем, был очень солидным человеком. Он старался и порядок поддерживать, и защищать население от немецких преступлений».
Положение РПЦ(з) поменялось в конце июня 1941 г., когда Германия напала на СССР, что значительная часть клириков и мирян РПЦ(з) восприняли, на первых порах, как долгожданный «освободительный поход на Москву». Заявления в поддержку немецкого нападения на СССР сделали летом 1941 г. архиепископ Берлинский и Германский Серафим (Ляде) и архимандрит Иоанн (Шаховской). И это было в некоторой степени объяснимо: к началу июня 1941 г. в СССР осталось 3732 действующих православных храма, 3350 из которых находились на воссоединенных территориях Прибалтики, Западной Украины, Западной Белоруссии и Буковины. При этом на «старых» подсоветских землях действовало всего 350–400 храмов. Количество открытых храмов и священников (около 500 человек) было очевидно недостаточно и составляло всего 5 % от состояния на конец 20-х годов. После оккупации только лишь в занятых немцами районах РСФСР было открыто: на северо-западе — 470, в Курской области — 332, в Ростовской области — 243, в Краснодарском крае — 229, в Ставропольском крае — 127, в Орловской области — 108, в Воронежской области — 116, в Крымской области — 70, в Смоленской области — 60, в Тульской области — 8 и около 500 в Орджоникидзевском крае, в Московской, Калужской, Сталинградской, Брянской и Белгородской областях, т. е. всего около 2150 церквей. В Белоруссии было открыто около 600 храмов, а на Украине — около 5400 православных храмов. При этом большинство этих храмов после изгнания немецких оккупантов не были закрыты советской властью по пропагандистским соображениям. В этих условиях понятно, почему немецкая оккупация воспринималась частью иерархов и мирян РПЦ(з) через призму борьбы с безбожными большевиками.
Самая большая степень политического радикализма была характерна для верующих РПЦ(з), собравшихся вокруг Ексакустодиана Ивановича Махараблидзе. Группа эта находилась в некоторой степени оппозиции даже по отношению к канцелярии Синода РПЦ(з). Махараблидзе происходил из семьи военного священника и после духовной семинарии учился на юридическом факультете Санкт-Петербургского университета. Во время Первой мировой войны он был начальником канцелярии протопресвитера Русской армии и флота Георгия Шавельского, в годы Гражданской войны был начальником канцелярии протопресвитера в Вооруженных силах Юга России; а впоследствии служил секретарем ВЦУ. В эмиграции стал управляющим канцелярией Архиерейского синода РПЦ(з) . Именно Махараблидзе был автором реферата Карловацкому собору, поднесенного 1 сентября 1922 г., о спорном акте патриарха Тихона, с которого начался процесс разделения РПЦ на РПЦ(з) и РПЦ (МП). В этом реферате Махараблидзе выразил сомнение в достоверности подписи патриарха, доказывал, что текст был написан под диктовку большевиков, и пришел к выводу о том, что Синод должен отбросить послание патриарха как противоречащее православным канонам. Вследствие недоразумений личного и финансового характера в 1931 г. Махараблидзе был уволен с места начальника канцелярии, после чего было закрыто и официальное издание РПЦ(з) «Церковные ведомости» (1922–1930 гг.), которое он редактировал. Лишь позднее РПЦ(з) вновь начала выпускать собственное издание «Церковная жизнь» (1933–1944 гг.), которое редактировал новый секретарь Синода, Ю.П. Граббе. Параллельно с этим изданием в Югославии выходило крайне правое «Церковное обозрение» (1932–1944 гг.). Кроме Махараблидзе с «Церковным обозрением» активно сотрудничали известный публицист и проповедник протопресвитер Владимир Игнатьевич Востоков и последний протопресвитер Российской императорской армии и военно-морского флота Георгий Иванович Шавельский.