Стоит отметить, что среди клириков РПЦ(з) были и люди, не согласные с основным курсом церковных старейшин. Несмотря на угрозу преследования со стороны гестапо, они составляли «… оппозицию в вопросе отъезда Чудотворной Иконы и самого Владыки Митрополита». Это была небольшая часть эмигрантов, так называемые «левые» и «советские патриоты», считавшие, что нельзя воевать с большевиками, т. к. интересы советской власти совпадают с интересами России. Их «предводили два священника, протоиерей И. Сокаль и протоиерей В. Неклюдов». Стоит отметить, что эта симпатия к красным не была лишь следствием успехов Красной армии. Идея о союзе с РПЦ(МП) уже до войны витала в головах некоторых из пастырей РПЦ(з). Так, еще до войны, в 1938 году, о. В.Неклюдов заклеил листком бумаги образ Николая II в русской часовне на Новом кладбище. . И. Сокаль и В. Неклюдов были против курса на борьбу с большевиками и несколько раз собрали настоящие митинги у церкви Св. Троицы, уговаривая паству саботировать призыв в РОК. Эти священники говорили прихожанам, что «большевиков больше нет и остались только русские». Во время наступления Красной армии эти пастыри уговаривали свою паству оставаться в Сербии и ждать «русских воинов-освободителей».
Вся власть над приходами Русской церкви в Югославии после ухода из Сербии иерархов РПЦ(з) осталась в руках Епархиального совета, членами которого были: о. Иоанн Сокаль (зам. председателя), о. Виталий Тарасьев, о. Владимир Мошин, Викентий Фрадинский (секретарь). Фактически власть перешла в руки старейшего священника, отца Иоанна Сокаля. На тот момент оставшаяся в Сербии Русская церковь состояла из двух общин, двух монастырей, 20 священников, 15 монахов, 32 монахинь и 3000 прихожан. В крупнейшей русской церкви в Белграде остались служить четыре священника: о. И. Сокаль, о. В. Неклюдов, о. В. Тарасьев и о. В. Мошин. По решению Синода СПЦ и по просьбе Епархиального совета и старейшин Свято-Троицкой церкви с ноября 1944 русские приходы в Сербии перешли под омофор СПЦ. Таким образом, РПЦ(з) была окончательно вытеснена из духовной жизни Югославии.
В советско-германской войне 1941–1945 гг. коллаборационизм достиг небывалого размаха, это позволило отдельным историкам говорить о том, что события того времени носили характер «второй гражданской войны». Как бы ни оценивал историк явления коллаборационизма (как гражданскую войну или как предательство), трудно отрицать то, что определенной части населения СССР были свойственны сепаратистские и (или) антисоветские настроения, побудившие их выступить с оружием в руках на стороне нацистской Германии. Это были не только жители балтийских республик, Средней Азии, Кавказа и Западной Украины, но и русские из РСФСР, Восточной Украины, Белоруссии и казачьих областей России, движимые ненавистью к первым лицам ВКП(б) и НКВД за репрессии, искусственно спровоцированный голод, коллективизацию и чиновничий произвол. Согласно немецким данным, в конце 1943 г. в вермахте находились около полумиллиона граждан СССР. Эта статистика не включает лиц, работавших в администрации, полиции и органах местного самоуправления. По подсчетам современных российских историков, основанным на изучении архивных данных, общее число граждан СССР и эмигрантов, которые хотя бы некоторое время прослужили в составе вермахта, СС, полиции и военизированных структур, было около миллиона двухсот тысяч человек (среди которых было около 700 тысяч славян, около 300 тысяч прибалтов, около 200 тысяч кавказцев и азиатов), при этом максимальная единовременная численность достигала 800–900 тысяч человек.
К середине 1943 г. шансы на победу Третьего рейха сильно сократились, немецкие оккупационные власти не могли поставить четкую политическую перспективу перед теми, кто пошел с ними на сотрудничество. В связи с этим боевой дух коллаборационистских частей стал падать, а число случаев дезертирства — расти. Поэтому 10 октября 1943 г. по приказу рейхсканцлера А. Гитлера значительная часть восточных батальонов была переброшена на запад, т. е. в основном во Францию, Италию и на Балканы. Вследствие этого русские, туркестанские и кавказские части оказались рассеяны по Европе от нормандских островов в Ла-Манше до пригородов Варшавы, и от берегов Северного моря до побережья Средиземного моря. После перебазирования в Европу осенью 1943 г. частей из «советских» коллаборационистов на территории Югославии до мая 1945 г. находились представители многочисленных русских, казачьих, туркестанских, кавказских и украинских частей. Единственным исключением были прибалтийские части, пребывание которых на территории западных Балкан, согласно известным до сих пор документам, зафиксировано не было.
Среди «восточных» частей, направленных на оккупированную территорию Югославии для борьбы с партизанами, пожалуй, наиболее известной уже до прибытия на Балканы была специальная кавказская часть «Бергман», т. е. «Горец» («Sonderverband Bergmann»), два батальона которой (1-й грузинский и 3-й северокавказский) были переброшены на Балканы после боев на Перекопском перешейке осенью и зимой 1943/44 г. Эта часть была хорошо подготовлена к ведению боевых действий в горах, причем при подготовке немецкие инструкторы пытались опереться на имевшийся у их подопечных опыт жизни в горах. Боевая мораль части была усилена неприязнью к православным славянским народам и к носителям коммунистической идеологии. Военнослужащие «Бергмана» принимали активное участие в боевых действиях на территории Северного Кавказа и Крыма. С конца 1942 г. «Бергман» был развернут в полк трехбатальонного состава общей численностью 2300 человек (батальоны: 1-й грузинский, 2 й азербайджанский и 3 й северокавказский). В марте 1944 г. 1-й и 3-й батальоны были переброшены на Балканы, на территорию Греции и Югославии. В августе 1944 г. солдаты «Бергмана» участвовали в боевой операции против югославских партизан в районе Кичево (Македония). Грузинский батальон участвовал в боевых действиях против партизан в оперативной зоне 11-й полевой дивизии люфтваффе. Осенью 1944 г. части «Бергмана» были переброшены к югославско-болгарской границе и приняли участие в боевых действиях против наступавших советских войск. После двух дней ожесточенных боев «Бергман» был отведен в тыл и переброшен в район Ресавы (Центральная Сербия), а позднее в район Вишеграда (Восточная Босния), где он действовал в операционной зоне 181-й пехотной дивизии вермахта. Хотя 2 февраля 1945 г. штабные части «Бергмана» были распущены, его национальные батальоны продолжили свою службу рейху и сохранили на головных уборах свой символ — кривой кавказский кинжал. В начале 1945 г. грузинский батальон выполнял особые задания в Западном Среме (Хорватия), а северокавказский батальон участвовал в антипартизанских операциях в Восточной Славонии (Хорватия). Позднее, в апреле 1945 г. в районе Карловца (Центральная Хорватия) части «Бергмана» сдерживали натиск НОАЮ. И, наконец, капитуляция Германии застигла оба батальона «Бергмана» в Словении. Грузинский батальон был захвачен в плен частями НОАЮ, а северокавказскому удалось сдаться Союзникам, что, впрочем, не меняло их участи, т. к. и одни, и другие в конце концов были переданы частям Смерша 3-го Украинского фронта.